So, auch dank der Hilfe hier habe ich nun erreicht was ich wollte.
Kritik am Programm ist oder an den Python-Stilfehrfehlungen sind herzlich willkommen, nun sollten auch ein paar der Fragen etwas klarer sein/werden:

###Nachbearbeitung von DFQ Files
##Einschränkungen: Auf dem auführenden Computer ...

wäre die Lösung über base64 so gemeint? :
#Hinkonvertierung
import base64
byteindex=(99999).to_bytes(3,byteorder='big')
base64index=base64.b64encode(byteindex)
stringindex=base64index.decode(encoding='utf-8',errors='strict')

#Rueckkonvertierung
base64index2=bytes(stringindex,'UTF-8')
byteindex2 ...

Mit 33 bis 127 wäre ich immernoch gut bedient, dabei käme ich immernoch mit 2-3 Stellen im 8-Stelligen String aus.

@Blackjack: Es geht nicht um Dateinamen, sondern um Namen für Punktmerkmale, die als String via Textfile an eine Datenbank übergeben werden. Die Datenbank akzeptiert aber nur 8 ...

Um klarer zu machen was ich will habe ich einmal die Nutzung des 'Textraumes' von 0 bis 255 für die Indexe erstellt, id_str wuerde dann ins Textfile geschrieben, so müsste ich nur 2 Stellen für bis zu 65536 Werte benützen. Ich bin aber noch am abklären welches Datenformat das 8-Stellige Feld genau ...

Was ist am Datenformat noch unklar?

Es geht nicht um das Format, sondern welche möglichen Werte vorhanden sind. Ansonsten kann man ja keine bijektive Abbildung basteln... außer, man platziert eine Mapping-tabelle dazwischen, was Mutetella versucht hat.
Eine Festlegung welche Werte vorliegen ...

Suchst Du einen Algorithmus, der das leistet oder kennst Du die Regeln und Dir ist nur unklar, wie man das umsetzen kann?

Für letzteres fehlt irgend wie die Beschreibung der Regeln, für ersteres machst Du da ja imho schon zu viele Vorgaben und nennst den Wertebereich nicht eindeutig genug.

Am ...

Zur statisitschen Auswertung von Messdaten (Dimensionen) werden diese über ein ASCII-File (.dfq qstat) von einem Messprogramm in ein Prüfplanungsprogramm übertragen. Leider halten sich beide Programme nicht perfekt an den Standard und so habe ich ein kleines Pythonskript dazwischenprogrammiert ...